根据第十一届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案和《国务院关于机构设置的通知》（国发〔2008〕11号），设立卫生部，为国务院组成部门。
一、职责调整
（一）取消已由国务院公布取消的行政审批事项。
（二）将卫生行业科技成果鉴定工作交给市场中介组织。
（三）将进口涉水产品、国产水质处理器和防护材料、与饮用水接触的新材料和化学物质的技术评估交给事业单位。
（四）将化学品毒性鉴定、建设项目职业病危害评价（甲级）、职业病防护设施与个人职业病防护用品效果评价、放射防护器材和含放射性产品技术评估交给事业单位。
（五）将食品卫生许可，餐饮业、食堂等消费环节食品安全监管和保健食品、化妆品卫生监督管理的职责，划给国家食品药品监督管理局。
（六）将国家食品药品监督管理局综合协调食品安全、组织查处食品安全重大事故的职责划入卫生部。
（七）增加组织制定食品安全标准、药品法典，建立国家基本药物制度的职责。
（八）加强食品安全综合监督的职责。加强对医疗服务、公立医疗机构的监督管理。
（九）深化医药卫生体制改革，坚持公共医疗卫生的公益性质，坚持预防为主、以农村为重点、中西医并重的方针，坚持为人民健康服务的方向。
二、主要职责
（一）推进医药卫生体制改革。拟订卫生改革与发展战略目标、规划和方针政策，起草卫生、食品安全、药品、医疗器械相关法律法规草案，制定卫生、食品安全、药品、医疗器械规章，依法制定有关标准和技术规范。
（二）负责建立国家基本药物制度并组织实施，组织制定药品法典和国家基本药物目录。组织制定国家药物政策。拟订国家基本药物采购、配送、使用的政策措施，会同有关部门提出国家基本药物目录内药品生产的鼓励扶持政策，提出国家基本药物价格政策的建议。
（三）承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任，组织制定食品安全标准，负责食品及相关产品的安全风险评估、预警工作，制定食品安全检验机构资质认定的条件和检验规范，统一发布重大食品安全信息。
（四）统筹规划与协调全国卫生资源配置，指导区域卫生规划的编制和实施。
（五）组织制定并实施农村卫生发展规划和政策措施，负责新型农村合作医疗的综合管理。
（六）制定社区卫生、妇幼卫生发展规划和政策措施，规划并指导社区卫生服务体系建设，负责妇幼保健的综合管理和监督。
（七）负责疾病预防控制工作，制定实施重大疾病防治规划与策略，制定国家免疫规划及政策措施，协调有关部门对重大疾病实施防控与干预，发布法定报告传染病疫情信息。
（八）负责卫生应急工作，制定卫生应急预案和政策措施，负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估，指导实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置，发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（九）起草促进中医药事业发展的法律法规草案，制定有关规章和政策，指导制定中医药中长期发展规划，并纳入卫生事业发展总体规划和战略目标。
（十）指导规范卫生行政执法工作，按照职责分工负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理，负责公共场所和饮用水的卫生安全监督管理，负责传染病防治监督。
（十一）负责医疗机构（含中医院、民族医院等）医疗服务的全行业监督管理，制定医疗机构医疗服务、技术、医疗质量和采供血机构管理的政策、规范、标准，组织制定医疗卫生职业道德规范，建立医疗机构医疗服务评价和监督体系。
（十二）组织制定医药卫生科技发展规划，组织实施国家重点医药卫生科研攻关项目，参与制定医学教育发展规划，组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。
（十三）指导卫生人才队伍建设工作，组织拟订国家卫生人才发展规划，会同有关部门制订卫生专业技术人员资格标准并组织实施。
（十四）组织指导卫生方面的国际交流合作与卫生援外有关工作，开展与港澳台的卫生合作工作。
（十五）负责中央保健对象的医疗保健工作，负责中央部门有关干部医疗管理工作，负责国家重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作。
（十六）承担全国爱国卫生运动委员会和国务院防治艾滋病工作委员会的具体工作。
（十七）承办国务院交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，卫生部设15个内设机构：
（一）办公厅。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作以及安全保密、政务公开、来信来访、卫生统计、新闻发布等工作。
（二）人事司。
拟订全国卫生人才发展规划和政策并指导实施；承担机关和直属单位的人事管理工作；会同有关方面拟订各类卫生专业技术人员资格标准并组织实施；组织指导卫生管理干部岗位培训工作。
（三）规划财务司。
拟订卫生事业中长期发展规划，推动区域卫生规划工作；统筹规划与协调全国卫生资源配置，管理大型医用装备的配置；提出医疗服务价格、药品价格、基本医疗保险费用结算等政策的建议；组织拟订国家卫生装备管理办法和标准；拟订药品和医疗器械采购相关规范。
（四）政策法规司。
起草卫生法律法规草案，组织拟订卫生政策和标准；起草部门规章；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担有关行政复议和行政应诉工作。
（五）卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）。
拟订卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；指导地方对突发公共卫生事件和其他突发事件实施预防控制和紧急医学救援；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援；发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（六）疾病预防控制局（全国爱国卫生运动委员会办公室）。
拟订全国重大疾病防治规划、国家免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善重大疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承担发布法定报告传染病疫情信息工作；承办全国爱国卫生运动委员会、国务院防治艾滋病工作委员会的具体工作。
（七）农村卫生管理司。
承担综合管理农村基本卫生保健和新型农村合作医疗工作，拟订有关政策、规划并组织实施；指导全国农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作；监督指导农村卫生政策的落实。
（八）妇幼保健与社区卫生司。
拟订妇幼卫生、社区卫生、健康教育的政策、规划、规范并组织实施；拟订妇幼卫生技术标准；对妇幼保健实施监督管理，牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作。
（九）医政司。
拟订医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准，并组织指导实施；拟订医务人员执业标准和服务规范；指导医院药事、临床重点专科建设、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；参与药品、医疗器械临床试验管理。
（十）医疗服务监管司。
承担医疗机构医疗服务的监管工作，建立医疗机构医疗质量评价和监督体系，组织开展医疗质量、安全、服务、财务监督和评价等工作；建立健全以公益性为核心的公立医院监督制度，承担推进公立医院管理体制改革工作。
（十一）食品安全综合协调与卫生监督局。
组织拟订食品安全标准；承担组织查处食品安全重大事故的工作；组织开展食品安全监测、风险评估和预警工作；拟订食品安全检验机构资质认定的条件和检验规范；承担重大食品安全信息发布工作；指导规范卫生行政执法工作；按照职责分工，负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理；负责公共场所、饮用水等的卫生监督管理；负责传染病防治监督；整顿和规范医疗服务市场，组织查处违法行为；督办重大医疗卫生违法案件。
（十二）药物政策与基本药物制度司。
承担建立国家基本药物制度并组织实施的工作，组织拟订药品法典和国家基本药物目录；组织拟订国家药物政策；拟订国家基本药物的采购、配送、使用的政策措施，会同有关方面提出国家基本药物目录内药品生产的鼓励扶持政策，提出国家基本药物价格政策的建议。
（十三）科技教育司。
拟订医药卫生科技发展规划；组织实施国家重点医药科研攻关项目；指导医疗卫生方面的技术推广和科学普及工作；组织研究医学卫生技术标准；承担医药卫生实验室生物安全的监督管理工作；组织指导卫生专业技术岗位培训工作；承担组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。
（十四）国际合作司（港澳台办公室）。
承担组织指导卫生方面的政府与民间的多双边合作交流和卫生援外有关工作；组织协调我国与世界卫生组织及其他国际组织在医学卫生领域的交流与合作；承担与港澳台的卫生合作工作。
（十五）保健局。
拟订并组织实施中央保健工作方针政策与规划；承担中央保健对象和在京中央国家机关及有关单位医疗照顾对象的医疗保健工作；承担国家重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作；负责重要外宾的医疗安排。
机关党委 负责机关和在京直属单位的党群工作。
离退休干部局 负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
四、人员编制
卫生部机关行政编制为387名（含两委人员编制6名、援派机动编制2名、离退休干部工作人员编制23名）。其中：部长1名、副部长4名，司局级领导职数63名（含国家卫生监察专员8名、机关党委专职副书记1名、离退休干部局领导职数2名）。
五、其他事项
（一）管理国家食品药品监督管理局和国家中医药管理局。
（二）食品安全监管的职责分工。卫生部牵头建立食品安全综合协调机制，负责食品安全综合监督。农业部负责农产品生产环节的监管。国家质量监督检验检疫总局负责食品生产加工环节和进出口食品安全的监管。国家工商行政管理总局负责食品流通环节的监管。国家食品药品监督管理局负责餐饮业、食堂等消费环节食品安全监管。卫生部承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任。各部门要密切协同，形成合力，共同做好食品安全监管工作。
（三）食品生产、流通、消费环节许可工作监督管理的职责分工。卫生部负责提出食品生产、流通环节的卫生规范和条件，纳入食品生产、流通许可的条件。国家食品药品监督管理局负责餐饮业、食堂等消费环节食品卫生许可的监督管理。国家质量监督检验检疫总局负责食品生产环节许可的监督管理。国家工商行政管理总局负责食品流通环节许可的监督管理。不再发放食品生产、流通环节的卫生许可证。
（四）职业卫生监管的职责分工。卫生部负责起草职业卫生法律法规草案，拟订职业卫生标准，规范职业病的预防、保健、检查和救治，负责职业卫生技术服务机构资质认定和职业卫生评价及化学品毒性鉴定工作。国家安全生产监督管理总局、国家煤矿安全监察局负责作业场所职业卫生的监督检查工作，负责职业卫生安全许可证的颁发管理，组织查处职业危害事故和有关违法违规行为。卫生部、国家安全生产监督管理总局、国家煤矿安全监察局按照职责分工，建立完善协调机制，加强配合，共同做好相关工作。
（五）由卫生部会同国家食品药品监督管理局适时推进食品安全监管队伍整合。
（六）所属事业单位的设置、职责和编制事项另行规定。
六、附则
本规定由中央机构编制委员会办公室负责解释，其调整由中央机构编制委员会办公室按规定程序办理。